瑯琊榜2講述的是梅長蘇之后的故事，故事的主角是以梁王展開的，以在瑯琊閣學藝的蕭平旌調查其兄長林軍副帥蕭平章一案而牽扯到大梁安危的局面。

大梁在修養生息幾年后，朝廷呈現出一派和平安穩的氣息，然而，邊境卻是不安寧，守護在大梁邊境的長林軍因為功高蓋主，而被當朝荀皇后陷害，她以梁帝的仁慈和太子的年幼為餌，一方面她暗中與夜秦人濮陽纓勾結，導致了長林王蕭庭生父子三人陷入了困境，大梁北境陷入了困頓，長林世子蕭平章身受重傷，另一方面，她在京城制造大規模疫情，導致了長林世子與次子先后中毒，在解毒過程中，北境急危，世子平章放棄救治，奔赴前線支援后毒發而亡，而平旌為國境安寧，在長兄犧牲后即刻駐守邊疆。

梁帝死后下令庭生輔政，荀白水扶植蕭元啟掌握兵權以對抗長林王府，在他們的詭計之下，平旌為了百姓反落得抗旨的罪名，庭生逝世長林府封府，長林軍編制被撤。元啟暗地里與已成為東海國主的舅舅墨淄侯勾結，賣國謀逆。隱居多年的平旌危急之中起兵勤王，成功挫敗蕭元啟的陰謀，待到大梁邊境整頓完畢，平旌再次離開金陵歸隱。